Kaninen er en enmaget planteeter, med en enkel mage og forstørret tykktarm og blindtarm.

Fordøyelse er prosessen hvor matens næringsinnhold blir bearbeidet for å tas opp og nyttegjort i kroppen. Næringsstoffene tas opp i fordøyelsessystemet og inn i blodet. Mesteparten av fordøyelsen hos kaniner skjer i tynntarmen ved hjelp av enzymer som bryter ned maten. Disse enzymene blir hovedsaklig produsert i bukspyttkjertelen. En liten andel blir nedbrutt av bakterier i blindtarmen og tykktarmen.

For å avgjøre hvor effektivt spesifikke fôremner blir nedbrutt, måler man matinntaket i forhold til avføringen som kommer ut etter det er fordøyd. Differansen mellom disse er mengden næring som er absorbert. Slike forsøk er viktig for å kunne anslå næringsverdien av de forskjellige næringsemnene, men det er gjort lite forsknings hos kanin i forhold til andre landbruksdyr.

Protein

Protein fordøyes hovedsaklig i tynntarmen av enzymene trypsin og chymotrypsin. Disse bryter ned proteinet til aminosyrer, som senere tas opp i blodet og brukes til å bygge opp kroppens egne proteiner eller som brensel i cellene. Proteinet som ikke brytes ned på denne måten fraktes videre til tykktarmen, hvor bakterielle enzymer syntetiserer aminosyrene til eget bruk.

I forhold til andre enmagede dyr fordøyer kaninene protein i plantemateriale veldig effektivt, men er avhengig av høykvalitetsprotein for å dekke behovet for aminosyrer.

Karbohydrater

Karbohydrater deles inn i to typer; de ferdig fordøybare kildene som stivelse og sukker, og de mindre fordøyelige typene som cellulose og hemicellulose. Stivelse er den dominerende karbohydraten i korn, mens cellulose og hemicellulose utgjør hovedbestanden i de fiberholdige delene av plantemateriale. Stivelse fordøyes av enzymet amylase i tynntarmen, som skilles ut av bukspyttkjertelen. Enzymet splitter stivelsen til glukosemolekyler som det er bygd opp av. Glukose tas opp i blodet og fungerer som en energikilde.

Maten passerer raskt gjennom tynntarmen hos kaninen, og overskudd av stivelser blir derfor ikke fordøyd og sendes til tykktarmen og blindtarmen. For mye stivelse kan føre til en oppblomstring av bakterier, og hvis giftproduserende organismer er til stede kan det føre til enterotoxemia og død. Karbohydrattypen og mengden kan derfor påvirke utviklingen av alvorlige helseproblemer hos kanin.

Kaniner fordøyer fiber dårligere enn de fleste andre dyr, hovedparten av fibret går ufordøyd gjennom systemet. De nyttegjør allikevel lavenergi fôr som stråfôr, bedre enn andre arter. Dette er fordi den spiser store mengder, hvor fibret raskt utskilles mens andre næringsstoffer blir effektivt fordøyd.

Selv om fibret ikke er en nyttig energikilde, utgjør det en viktig del av kaninens diett. Utallige studier viser at for lite fiber kan føre til enteritt og andre fordøyelsesrelaterte sykdommer, så fibret er nødvendig for å opprettholde en sunn fordøyelse. Økt fiber kan redusere faren for overflod av stivelse i tykktarmen, ved å senke nivået av vannoppløselige karbohydrater.

Fett

Fett fordøyes i tynntarmen av enzymet lipase. Galle som produseres i leveren trengs også for å kunne bryte ned fettet. Det er en vanlig oppfatning at et høyt fettinnhold i fôret ikke fordøyes. Tvert i mot fordøyes fett lett, og forsøk har vist at fettprosenter på inntil 25 % fordøyes av kaniner uten negativ effekt. I praksis er ikke høye fettnivåer gunstig fordi det reduserer kvaliteten på kraftfôret.

Vitaminer og Mineraler

Disse næringsstoffene krever ingen fordøying og tas direkte opp i blodet.

Forskjellen mellom kaninen og drøvtyggere

Tidligere ble det trodd at kaninens fordøyelse fungerte på lignende måte som hos drøvtyggere. Dette er feil, men det finnes noen likhetstrekk. Drøvtyggere har ikke behov for aminosyrer i fôret, da dette produseres av bakterier i vommen. Aminosyrene produsert av bakterier hos kaniner bidrar lite til kaninens totale behov, og er derfor avhengig av proteiner i fôret.

Kyr kan fordøye fiberrikt fôr fordi vommens bakterier produserer cellulase som bryter ned cellulose, mens kaniner mangler evnen til å fordøye fiber effektivt. Fellestrekket hos kaniner og drøvtyggere er at de begge produserer nok B-vitaminer i tarmene til å dekke behovet. Derfor trenger dietten bare å inneholde A, D og E vitaminer, ettersom de andre syntetiseres i tilstrekkelig mengde.

Koprofagi

Kaniner er koprofage. Det vil si at de spiser sin egen avføring. Dette er en vanlig atferd hos flere arter, som for eksempel marsvin og hamster, i tillegg til kanin. Årsaken er for å kunne nyttegjøre seg B-vitaminene som kaninen produserer i tarmene. Kaninen har to typer avføring; vanlige avføringskuler og blindtarmsavføring. Den vanlige avføringen produseres i tykktarmen og er tørre, runde kuler fulle av fiber.

Blindtarmsavføringen produseres i blindtarmen (cecum) og kommer som små druelignende klaser med mørke, bløte kuler. Denne spises rett fra endetarmen og sees normalt ikke. Finner man slike klaser med blindtarmsavføring etter kaninen kan det tyde på at den får en for næringsrik diett.